Primele denumiri documentare ale comunei au fost Ungureni si Călugăra, iar cea de Măgura s-a dat în anul 1966.
Satul Măgura, aşezat de o parte şi de alta a pârâului Negel, la 8 km vest de municipiul Bacău, a devenit centru administrativ al comunei Măgura.
Teritoriul acestei comune a fost locuit aproape în toate epocile istorice.
Cercetările de suprafaţă facute în Măgura şi în localităţile din preajma sa au urmărit descoperirea de staţiuni omeneşti din cele mai îndepartate timpuri.
În satul Osebiţi, comuna Măgura, judeţul Bacău a fost descoperit un topor şi resturi de locuire aparţinand culturii Monteoru. Această piesă a fost descoperită cu prilejul lucrărilor agricole, între 1956-1966 datorită cercetărilor de suprafaţă; cercetarea a fost făcută de către V.Căpitanu de la Muzeul judeţean de istorie din Bacău).
În punctul numit "La Cetaţuie" din comuna învecinată Luizi Călugăra, ce domină localitatea, se întâlneşte la suprafaţa solului material ceramic din epoca bronzului - cultura Monteoru.
La sud-est de satul Luizi Călugăra. în punctul "Deasupra satului" a fost descoperită o aşezare din secolele II-III e.n. Materialul ceramic lucrat cu mâna şi la roată aparţine populaţiei autohtone carpo-dacice.
Dintre numeroasele asezări şi necropole carpice pot fi menţionate cele de la Măgura, punctul "Dealul Pichiului", "Sipote". Materialele arheologice descoperite la Măgura (Călugăra - Dealul Pichiului) aparţin fazei timpurii a culturii carpice şi aduc temeinice argumente ce susţin originea geto-dacică a acestei culturi.
Un loc aparte îl ocupă tezaurul de monede romane descoperit la Măgura. Tezaurul descoperit întâmplător în primăvara anului 1976 în perimetrul unei aşezări carpice, cuprinde 2830 de monede de argint, din care 2828 dinari şi 2 drahme, în greutate totală de 9075,17 grame.
Monedele din tezaur se înşiruie pe o îndelungată perioadă de timp, de la Augustus (moneda emisă în anii 2 î.e.n. - 2 e.n.) la Septimius Severus (emisiuni din anii 196 - 197 e.n.).
Satul Măgura, înfiinţată pe hotarul vechilor comune Osebiţii Mărgineni şi Călugăra Mare, este o posesiune străveche, atestată documentar la începutul secolului al XV-lea când, la 28 ianuarie 1409, Alexandru cel Bun, domnul Moldovei, dărui panului Giurgiu Ungureanu satele Ungureni, Sohodolul şi via pe care a sădit-o. În primăvara anului 1438. la 18 mai, bătrânul Giurgiu Ungureanu, simţindu-şi sfârşitul aproape, dă nepotului său, Ulea, jumătate din satul Ungureni. Cealaltă jumătate era stăpânită de Stroe care, la 20 iunie acelaşi an, o schimbă cu vornicul Hudici. Peste 10 ani, la 3 septembrie 1448, Ulea îşi capătă o confirmare domnească de la Petru voievod pe jumătate de sat.
În prima jumătate a secolului al XVII-lea, călugării de la mănăstirea Bistriţa îşi fac cărţi de proprietate asupra domeniului. Marele dregător Radu Racoviţă, în prima jumătate a secolului al XVIII-lea, ajunge stăpân pe moşia satului, numită acum Călugăra. El obţine de la domnie dreptul de a înfiinţa pe această moşie o fabrică de sticlă (glăjărie).
De la Radu Racoviţă, moşia Călugăra (aşa cum era denumită atunci) trece la fiica lui cea mică, Anastasia, măritată cu Iordachi Todiraşcu Costachi. Aceasta fiind strănepoată de domn, îi plăcea să i se spună vistierniceasa Racoviţoaia.
În recensămintele populaţiei Moldovei din anul 1774, satul se numea Călugăra, având 193 de case, din care 163 plăteau bir. Fiica vistiernicesei, Ecaterina Costachi, s-a căsătorit cu Iordache Ruset.
În Condica Liuzilor pe 1803, satul apărea sub numele de Călugăra, aparţinând ocolului Bistriţa de jos. După rotunjirea din 1833, când au avut loc unele modificări administrative, satul se afla în ocolul Bistriţa sub numele Călugăra Mare.
Răducanu Ruset şi fiul acestuia, Neculai Ruset, rămân proprietari ai acestui sat până la jumătatea secolului al XIX-lea.
La sfârşitul secolului al XIX-lea comuna Măgura avea două cătune Călugăra Mare (reşedinţa) şi Sohodol, numit şi Osebiţii-Sohodol. Populaţia comunei era de 347 capi de familie, însumând 1358 de suflete. Marii proprietari ai comunei la acea vreme erau fraţii Brăeşti care aveau 1909 ha şi fraţii Micleşti cu 1039 ha.
Comuna Măgura a luat fiinţă prin Decretul nr.799-1964 privind schimbarea denumirii unor localităţi.
Satul Sohodol prima atestare documentară a sa este din 28 ianuarie 1409, când Alexandru cel Bun confirma lui Giurgiu Ungureanu proprietatea asupra satului Sohodol. Peste un sfert de veac, la 3 ianuarie 1435, Ştefan, domnul Moldovei, confirma lui Micu Neagoe şi Răspop Opriş, probabil copiii sau nepoţii lui Giurgiu Ungureanu, jumătatea de sus a satului Sohodol. Documentele din secolul al XVII-lea se referă la mărturii, nedreptăţi, vânzări-cumpărări de obcine etc. În secolul al XVIII-lea ajung să stăpânească părţi de sat boierii din familia Ruset Iordachi, Ioniţă şi Răducanu. La începutul secolului al XIX-lea satul era răzeşesc, oamenii ocupându-se cu butnăria şi lucrul pământului care nu era îndestulător. Parte din sat era a postelnicului Nicu Ruset şi se numea Sohodolul Boieresc sau Osebiţii Sohodol.
Începând din anul 1865, satul a făcut parte din comuna Călugăra Mare. În anul 1896, satele Sohodol şi Crihan apar la un loc.
Satul Crihan în anul 1845 a devenit Sohodolul Boieresc, aici având proprietăţi boierii din familia Ruset. În anul 1852, acest sat capătă denumirea de Osebiţii Sohodol. Ca urmare a aplicării legii reformei administrative, în anul 1965 satul a făcut parte din comuna Osebiţii Mărgineni.
Satul Dealu Mare s-a numit în a doua jumătate a secolului al XIX-lea Ţigănimea. În anul 1896 satul făcea parte din comuna Călugăra Mare.